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Bioinformática

Código 9112
Ano 3
Semestre S2
Créditos ECTS 6
Carga Horária PL(30H)/T(30H)
Área Científica Bioengenharia
Tipo de ensino Presencial
Objectivos de Aprendizagem A disciplina visa apresentar aos alunos diferentes algoritmos e técnicas computacionais utilizadas na Bioinformática moderna e respectiva aplicação à resolução de problemas em biologia e medicina, com ênfase nas aplicações da biologia molecular.
No fim desta disciplina os alunos deverão ser capazes de:
- Conhecer as bases de dados biológicos mais importantes e saber extrair informação destas bases de dados.
- Compreender as motivações, os pressupostos e limitações das diversas técnicas computacionais que são aplicadas para resolver um problema particular em biologia.
- Explorar as implementações existentes dos algoritmos de pesquisa e de alinhamento de sequências mais comuns e saber parametrizar os mesmos de forma adequada.
- Identificar direções para investigação em Bioinformática.
Conteúdos programáticos 1. Introdução.
2. Bases de dados de informação biológica.
3. Competências práticas de programação.
4. Alinhamento de sequências par-a-par.
5. Alinhamento múltiplo de sequências.
6. Métodos heurísticos para pesquisa a bases de dados.
7. Microarrays e análise de dados de expressão génica.
8. Alinhamento estrutural de proteínas.
9. Previsão da estrutura e função de proteínas.
10. Aplicações e investigação na Bioinformática.
Metodologias de Ensino e Critérios de Avaliação Aulas teóricas com exposição da matéria pelo professor seguida de discussão dos algoritmos apresentados, complementada com pequenos exercícios teórico-práticos. Aulas práticas com utilização de computadores e realização de trabalhos de grupo. Para os estudantes aprenderem a resolver problemas da área da Biologia e Medicina com recurso a técnicas Bioinformáticas é importante saberem utilizar as ferramentas adequadas. Os estudantes têm oportunidade de, com orientação do professor, utilizar essas ferramentas e testar diferentes parametrizações. Está prevista também a realização de uma apresentação individual sobre uma área de investigação recente em Bioinformática.
A componente de avaliação de conhecimentos (2 testes) tem um peso de 65% da nota final, a avaliação de procedimentos práticos tem um peso de 27.5%, os 7.5% restantes ponderam a capacidade de participação e discussão do aluno. É requerida a presença obrigatória em 80% das aulas.
Bibliografia principal 1. Bibliografia principal
An Introduction to Bioinformatics Algorithms, N. C. Jones and P. Pevzner, MIT Press, 2004.
Essential Bioinformatics, Jin Xiong Cambridge, University Press, 2006.
Introduction to Bioinformatics, 2nd edition, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, 2002.

2. Bibliografia complementar
- Bioinformatics: An Introduction, Jeremy Ramsden, Third Edition, Springer-Verlag London 2015.
- Algorithms in Bioinformatics: A Practical Introduction, Wing-Kin Sung, CRC Press 2010.
- Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh and Graeme Mitchison, Cambridge University Press, 2004.
- Analyzing Microarray Gene Expression Data, Geoffrey J. Maclachlan, Kim Anh-Do and Christophe Ambroise, Wiley, 2004.
- Bioinformatics for Dummies, 2nd edition, Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame, Wiley, 2006
Língua Português
Data da última atualização: 2014-08-07
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