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Cursos Avançados IV

Código 15045
Ano 1
Semestre S2
Créditos ECTS 5
Carga Horária TP(40H)
Área Científica Biomedicina/Medicina/Bioquímica
Objectivos de Aprendizagem Ao terminar com êxito a unidade curricular do Cursos Avançados IV – Biologia Estrutural Médica, o aluno deve ser capaz de:

1- Enunciar as técnicas principais de bioquímica computacional para a simulação molecular em sistemas proteicos.
2- Utilizar os métodos de análise das interações proteína-proteína e proteína-ligandos na validação de parâmetros cinéticos e termodinâmicos de biomoléculas em solução.
3– Analisar as interações ácidos nucleicos-ligandos via técnicas laboratoriais de seleção de moléculas alvo e estudos estruturais.
4- Identificar na cromatografia líquida características de técnica preparativa e estruturalmente inócua na separação de uma mistura complexa de proteínas.
5- Descrever os métodos de determinação da estrutura tridimensional de biomoléculas com relevância terapêutica: ácidos nucleicos e proteínas.
6- Pesquisar e analisar criticamente os artigos científicos relacionados com as temáticas leccionadas no curso.
Conteúdos programáticos 1- Módulo Bioquímica Computacional- A) Metodologias; B) Mecânica Molecular: Energia dos ângulos de ligação; Energia de torção; Dedução de parâmetros; Campos de forças; C) Simulações em Dinâmica Molecular: Equações do Movimento; Forças de Longo Alcance; Funções Suavizantes; Propriedades (Densidade; Dinâmica Rotacional; Flutuações Atómicas; Orientação Molecular). 2- Modulo Biofísica no reconhecimento Biomolecular– A) Interações proteína-proteína e proteína-ligante por: Microcalorimetria e SPR utilizando um biossensor ótico; B) Interações ácidos nucleicos-ligandos: Espectroscopia de Dicroísmo circular para analisar a estabilidade do DNA e RNA e determinação da afinidade e cinética da reação entre biomolécula-ligando por SPR de forma a selecionar os ligandos. 3- Modulo Biologia Estrutural – A) Estratégias na separação de proteínas por cromatografia líquida; B) Co-cristalização e Soaking; SAXS; Cryo-EM - Fundamentos, métodos de formação imagens, preparação amostras, limites de resolução.
Metodologias de Ensino e Critérios de Avaliação As atividades realizadas no Curso Avançado IV tem como base primordial a participação ativa dos alunos em: tutorias para pesquisa orientada de informação, discussão e resolução de casos de estudo propostos pelos docentes; seminários/workshops realizadas por investigadores/docentes provenientes de centros de investigação de excelência (nacionais e internacionais) e com experiência curricular nas diferentes áreas em análise e enfatizando as simulações e discussões no design de novas moléculas com base na estrutura de biomoléculas depositadas nas bases de dados internacionais.
Bibliografia principal 1- Huynh K. and Partch C.L., “Analysis of protein stability and ligand interactions by thermal shift assay”, Current Protocols in Protein Science, 2015, 2:79. https://doi.org/10.1002/0471140864.ps2809s79; 2- Hu T., Sprague E.R., Fodor M., Stams T., Clark K.L. Cowan-Jacob S.W., "The impact of structural biology in medicine illustrated with four case studies", Journal of Molecular Medicine, 2018, 96:9–19. https://doi.org/10.1007/s00109-017-1565-x; 3- “Advances Methods in Structural Biology: part of the Methods in Molecular Biology”, 2023, Springer Protocols, Human Press, ISBN 978-1-0716-3146-1; 4- Gomes D., Correia M.A.S., Romão M.J., Passarinha L.A., Sousa A. “Integrated approaches for the separation and purification of recombinant HPV16 E6 protein from Escherichia coli crude extracts” Separation and Purification Technology, 2023, 315: 123647. https://doi.org/10.1016/j.seppur.2023.123647.
Língua Português
Data da última atualização: 2023-05-18
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