A forte consciencialização sobre a necessidade de um salto qualitativo no desenvolvimento de recursos humanos na saúde motivou o governo a aprovar a criação de duas escolas médicas no país: Covilhã e em Braga em 1998. Um dos pontos para esta aprovação, foi de que os projetos deveriam introduzir mudanças profundas ao nível currículo médico, permitindo assim renovar o ensino da medicina em Portugal. De acordo com essa disposição, a Universidade da Beira Interior lançou um projeto inovador de estudos médicos, um projeto que foi aprovado pela resolução do Conselho de Ministros nº 140/98, de 4 de dezembro.

Esse projeto sugeriu o desenvolvimento de modelos inovadores de formação, orientados por padrões científicos e assistência de ensino de alta qualidade, em que a articulação com as unidades de cuidados de saúde seria assegurada por um modelo organizacional diferente e inovador.

Com base nos pressupostos enumerados, foram delineadas três diretrizes para a metodologia pedagógica a serem adotadas na Faculdade de Ciências da Saúde:
• A criação de um modelo pedagógico que substitui o sistema de educação "tradicional", que consiste numa soma de disciplinas académicas, para um sistema educacional integrado, com base no estabelecimento de objetivos e no uso da aprendizagem baseada em problemas, sempre que possível;
• Ênfase na aprendizagem centrada no aluno, em vez dos processos que levam ao "armazenamento" da informação, sendo essencial para se concentrar na aprendizagem, na relação entre "o ensinar e o aprender", entender o ensino como um sistema para facilitar;
• Monitorização contínua da metodologia pedagógica.

Todos os requisitos para a criação do ciclo de estudos em medicina foram concluídos, tendo sido criados recursos estruturais e humanos, bem como uma consolidação pedagógica para o início do curso de medicina e pós-graduação no ano lectivo de 2001/2002.

Para garantir todo o componente de educação clínica, em fevereiro de 2001, foram assinados os protocolos de articulação entre a Universidade da Beira Interior - Faculdade de Ciências da Saúde e as instituições de saúde envolvidas no projeto.

A Faculdade de Ciências da Saúde oferece os seguintes diplomas: 1º ciclo em Ciências Biomédicas, Optometria e Ciências da Visão; mestrados integrados em Medicina e Ciências Farmacêuticas; 2º ciclo em Ciências Biomédicas, Gerontologia, Optometria e Ciências da Visão; e Doutoramentos em Medicina, Biomedicina e Ciências Farmacêuticas.