Bioinformática

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Nuno Gonçalo Coelho Costa Pombo
Código:
11857
Ano:
2
Semestre:
S2
Créditos ECTS:
6
Carga Horária:
PL(30H)/T(30H)
Área Científica:
Biotecnologia
Tipo de ensino:
Presencial
Objectivos de Aprendizagem:
A disciplina visa apresentar aos alunos diferentes algoritmos e técnicas computacionais utilizadas na Bioinformática moderna e respectiva aplicação à resolução de problemas em biologia e medicina.
No fim desta disciplina os alunos deverão ser capazes de:
- Compreender as motivações, os pressupostos e limitações das diversas técnicas computacionais que são aplicadas para resolver um problema particular em biologia.
- Explorar as implementações existentes dos algoritmos de pesquisa e de alinhamento de sequências mais comuns e saber parametrizar os mesmos de forma adequada.
- Identificar direções para investigação em Bioinformática.
Conteúdos programáticos:
>Componente Teórica
1. Conceitos básicos de algoritmos
2. Algoritmos de análise de sequências
3. Algoritmos de alinhamento simples
4. Algoritmos de alinhamento múltiplo
5. Algoritmos para pesquisa de motivos
6. Modelação de dados

> Componente Prática (Programação em Python)
1. Decisão e iteração
2. Manipulação de strings
3. Decomposição, Abstração, e Funções
4. Python e Rosalind
5. Python e Pandas
Metodologias de Ensino e Critérios de Avaliação:
Aulas teóricas com exposição da matéria pelo professor seguida de discussão dos algoritmos apresentados, complementada com pequenos exercícios teórico-práticos. Aulas práticas com utilização de computadores e realização de trabalhos de grupo. Para os estudantes aprenderem a resolver problemas da área da Biologia e Medicina com recurso a técnicas Bioinformáticas é importante saberem utilizar as ferramentas adequadas. Os estudantes têm oportunidade de, com orientação do professor, utilizar essas ferramentas e testar diferentes parametrizações. Está prevista também a realização de um trabalho com apresentação pública sobre uma área de investigação recente em Bioinformática.
Bibliografia principal:
- Lecture notes “Introduction to Computer Science and Programming in Python”, Massachusetts Institute of Technology, 2021.
- Lecture notes “Biology Meets Programming: Bioinformatics for Beginners”, University of California, 2021.
- Bioinformatics with Python Cookbook, 2nd edition, Tiago Antão, Packt Publishing, 2018.
- Bioinformatics: An Introduction, 3th edition, Jeremy Ramsden, Springer-Verlag London, 2015.
Língua:
Português
Esta informação promove os seguintes Objetivos de Desenvolvimento Sustentável da ONU:
Garantir o acesso à educação inclusiva, de qualidade e equitativa, e promover oportunidades de aprendizagem ao longo da vida para todos