Introduction to Fluorescence Microscopy

Imagem d@ Ana Raquel Ferreira da Costa [Ficheiro Local]
Ana Raquel Ferreira da Costa
Código:
16818
Ano:
1
Semestre:
L0
Créditos ECTS:
1
Carga Horária:
O (20H)/T(8H)
Área Científica:
Biomedicina
Objectivos de Aprendizagem:
Após a conclusão do curso, o aluno deverá:
- Conhecer as várias técnicas básicas e avançadas de microscopia de fluorescência usadas na investigação biomédica;
- Ter adquirido as noções fundamentais sobre métodos de análise de imagens como digitalização, aperfeiçoamento de imagem,
segmentação e classificação de características;
- Saber selecionar o modo de aquisição de imagem adequada ao objetivo pretendido;
- Realizar medições manuais e automáticas usando ferramentas de análise de imagem;
- Realizar rastreamento de objetos;
- Realizar análise de tecidos histológicos;
- Entender as aplicações e limitações de cada técnica,
- Conhecer e aplicar as noções fundamentais de ética na análise de imagem.
Conteúdos programáticos:
Introdução à Microscopia de Fluorescência
Seccionamento Ótico
Imagiologia de Células Vivas
Microscopia de Super-Resolução
Introdução ao Software de Microscopia ZEN
Introdução à Análise de Imagem
Introdução ao Software FIJI (Is Just ImageJ)
Hands-On FIJI (Análise Intensidade de Fluorescência, Colocalização)
Introdução ao Desenvolvimento de Macros
Introdução ao Software Imaris
Hands-On Imaris (Rastreamento de Objetos)
Introdução à Deconvolução
Introdução ao Software QuPath
Hands-On QuPath (Análise de Tecidos Histológicos)
Metodologias de Ensino e Critérios de Avaliação:
O curso consiste em sessões teóricas, sessões práticas hands-on nos microscópios afetos ao laboratório de microscopia, e sessões teórico-práticas de análise de imagem. As sessões teóricas permitem fornecer as bases teóricas sobre as técnicas de microscopia de fluorescência e os conceitos base sobre aquisição e análise de imagens em investigação biomédica. As sessões práticas hands-on nos microscópios e as teórico-práticas de análise de imagem possibilitam a aplicação dos conceitos apresentados nas sessões teóricas e o uso das ferramentas disponíveis para construir fluxos de trabalho adequado para um determinado objetivo de investigação. A avaliação envolve a aplicação individual dos conhecimentos em contextos que os alunos poderão transpor para os seus projetos de investigação.
Bibliografia principal:
- Fluorescence Microscopy: From Principles to Biological Applications, 2nd Edition. Ulrich Kubitscheck (Editor) ISBN: 978-3-527-33837-5 June 2017 Wiley-Blackwell
- Bioimage Data Analysis, Edited by Kota Miura, Wiley-VCH. ePDF ISBN: 978-3-527-80092-6
- Quantitative Imaging in Cell Biology, Methods in Cell Biology, Volume 123 (2014). Editors Jennifer C. Waters & Torsten Wittmann
Língua:
Português