Informática Aplicada às Ciências Biológicas

Não tem Fotografia:
Virginie dos Santos Felizardo
Código:
17252
Ano:
1
Semestre:
S1
Créditos ECTS:
6
Carga Horária:
PL(30H)/T(30H)
Área Científica:
Informática
Objectivos de Aprendizagem:
1. Identificar e descrever algoritmos e técnicas utilizadas em Bioinformática.

2. Explorar bases de dados de interesse biológico e extrair delas informação relevante.

3. Explorar ferramentas de interesse para resolução de problemas em biologia molecular e biomedicina.

4. Explorar implementações existentes dos algoritmos mais comuns para os diversos problemas computacionais e implementar as parametrizações os mesmos de forma adequada.

5. Identificar direções atuais em termos de investigação.
Conteúdos programáticos:
1. Introdução à Informática aplicada às Ciências Biológicas
2. Ferramentas, algoritmos e bibliotecas de bioinformática
3. Bases de dados de interesse Biológico
4. Métodos de análise de sequências (alinhamentos em pares)
5. Métodos para obter alinhamentos de múltiplas sequências e construção de árvores filogenéticas
6. Métodos de análise de expressão génica (clustering e biclustering)
7. Redes biológicas e métodos de análise de interação de proteínas
8. AlphaFold e previsão da estrutura de proteínas.
9. Tratamento e análise de dados biológicos.
Metodologias de Ensino e Critérios de Avaliação:
A avaliação do período de ensino-aprendizagem consiste na realização de 5 fichas práticas (FP, resolvidas individualmente), preenchimento de um portefólio de recursos e ferramentas de bioinformática (Prf, individual), resolução e entrega de um desafio (D, individual) e realização de um projeto de tratamento e análise de dados biológicos (P, em grupo).

Ponderações:
- 5 Fichas práticas (5x2 valores =10 valores)
- 1 Portefólio de recursos e ferramentas (2 valores)
- 1 Desafio (3 valores)
- 1 Projeto (5 valores)

Critérios de frequência:
- Assiduidade mínima de 70% nas atividades da UC.
- Nota mínima de 6 valores.

Critérios de aprovação:
- Cumprir os critérios de frequência.
- A nota de cada ficha prática ser igual ou superior a 50% (1 valor cada).
- Nota final igual ou superior a 50% (10 valores) - Nota final= FP1+FP2+FP3+FP4+FP5+ Prf+D+P

Exames
Mesmas ponderações da avaliação de ensino-aprendizagem, em que as fichas práticas serão substituídos por um exame.
Bibliografia principal:
1.Bioinformatics: An Introduction, Jeremy Ramsden, Third Edition, Springer-Verlag London 2015.
2.Algorithms in Bioinformatics: A Practical Introduction, Wing-Kin Sung, CRC Press 2010.
3.Essential Bioinformatics, Jin Xiong Cambridge, University Press, 2006.
4.An Introduction to Bioinformatics Algorithms, N.C, Jones & P. Pevzner, MIT Press, 2004
5.Introduction to Bioinformatics, 4th Edition, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, 2014.
6. Artigos e material disponibilizado pelo docente.
Língua:
Português