O doutoramento em Ciência Política resulta da associação das universidades de Aveiro e Beira Interior, o programa doutoral em Design de Moda é um consórcio das universidades do Minho e da Beira Interior, o 3º ciclo em Estudos de Comunicação: Tecnologia, Cultura e Sociedade é um programa doutoral FCT ministrado pela Universidade do Minho, pela Universidade da Beira Interior, pelo ISCTE e pela Universidade Lusófona de Humanidades e Tecnologias, e o 3º ciclo em Materiais e Processamento Avançados resulta do programa doutoral FCT em associação das seguintes instituições de ensino superior: Universidade de Coimbra, Universidade de Lisboa, Universidade do Minho, Universidade do Porto e Universidade da Beira Interior.