A funcionar no âmbito da Faculdade de Ciências da Saúde, o Departamento de Ciências Médicas foi criado pela Deliberação do Senado nº 28/2000, de 30 de outubro, com vista a assegurar os conteúdos dos módulos de ensino integrado/coordenado da especialidade que conduzem aos graus académicos na área da Medicina.